Μέχρι 28/01/2019 το τμήμα διοικούνταν από την Συνέλευσή του και από τον Πρόεδρο του τμήματος.

Η Συνέλευση απαρτίζονταν από τους καθηγητές του τμήματος, ένα μέλος από το Ειδικό Τεχνικό Εργαστηριακό Προσωπικό και έναν εκπρόσωπο των προπτυχιακών φοιτητών.

Πρόεδρος του Τμήματος για το χρονικό διάστημα από 01/09/2018 ως 28/01/2019 ήταν ο καθηγητής Kοσμάς Kουρουμπάς.

Στο τμήμα υπήρχαν δύο τομείς, στους οποίους ήταν ενταγμένα τα μέλη ΔΕΠ του τμήματος: Ο τομέας ΔΟΜΗΣ ΚΑΙ ΣΥΣΤΗΜΑΤΩΝ ΙΣΧΥΟΣ ΑΕΡΟΣΚΑΦΩΝ  και ο τομέας ΤΟΜΕΑΣ ΗΛΕΚΤΡΙΚΩΝ, ΗΛΕΚΤΡΟΝΙΚΩΝ ΣΥΣΤΗΜΑΤΩΝ ΚΑΙ ΟΡΓΑΝΩΝ ΑΕΡΟΣΚΑΦΩΝ.

Με την έναρξη ισχύος του νόμου 4589/29/01/2019, το τμήμα της Χαλκίδας του πρώην ΤΕΙ Στερεάς Ελλάδας συγχωνεύτηκε με το ΕΚΠΑ. Το τμήμα Μηχανικών Τεχνολογίας Αεροσκαφών ΤΕ, όπως βέβαια και όλα το μέχρι τότε υφιστάμενα τμήματα, σταμάτησε να υφίσταται και να λειτουργεί αυτοδύναμα, δεν περιελήφθη στο μηχανογραφικό του 2019 και δεν πήρε εισακτέους τον Σεπτέμβριο του 2019.

Σε ότι αφορά τα πάσης φύσεως φοιτητικά και ακαδημαϊκά θέματα (διδασκαλία των μέχρι τότε υφισταμένων προγραμμάτων σπουδών, εξετάσεις, πτυχιακές κλπ) και μέχρι την αποφοίτηση των μέχρι τότε φοιτητών του τμήματος, αποκλειστική αρμοδιότητα έχει πλέον το Συμβούλιο ένταξης, στο οποίο προεδρεύει ο Αντιπρύτανης Ακαδημαϊκών Υποθέσεων του ΕΚΠΑ, και μέλη του είναι οι καθηγητές Κ. Παπαδόπουλος, Αν. Μπαλτούκας και Μ. Τζαμτζή.